《少林武祖》講述東渡途中，達摩結識了中土民間百姓小寶、李小四、小嬋。陰間女鬼方小玉，橫行與陽間，抓了達摩好友李小四，並施法把其拖至陰間準備成婚，倖得達摩及時髮現，施展神功，斬妖除魔，救迴小四，小四備受感激……
北魏國師流支三藏巧於言辭，一時名聲頗盛，因而對達摩的到來心懷嫉恨，遂進讒言於南梁武帝，遂將達摩睏於一地牢之中，以火焚之，達摩臨危若定。突圍至長江，麵對滔滔江水和凶猛的追兵，以一束葦草為舟飄然渡過彼岸，眾人大驚疑為神仙。達摩繼續尋找可以把武學和道法髮揚光大的地方，逃亡途中流支三藏仍然不放過達摩，並請到天煞絕命琴孃和至尊舞者飛天兩大殺手百加追殺，直殺得天昏地暗……
流支三藏髮現嵩山少林寺頗似達摩所說的地方，為阻止達摩脩行，火燒少林……
