日籍秘密非政府情報組織\"SEEK\"的特工相澤遙輝因女友在空難中不幸去世而悲痛欲絕。SEEK組織首領木村亮緊急召喚他執行特殊任務:營救同僚特工、奪取新型高爆炸性液體\"RDX@\",阻止殘暴的山口組首領古橋修一及其幫派奪取日本。盡管忍者被認為已不復存在...新一代刺客仍在幫助保護日本與正義;忍者即將歸來。