被稱作“學園都市”的東京西部的鉅大都市中，進行著超能力的開髮。在此接受特殊課程而或的能力的學生被分為“無能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”等六個階段，位於頂點的就是七名的“超能力（Level 5）”。其中御坂美琴是能夠自由操縱電力的“電擊使”中最上位的能力者，擁有“超電磁砲”異名的她是在常盤檯中學就讀的14歲女子中學生。作為後輩，同時是“風紀委員”的白井黑子，景仰大小姐的初春飾利，和她那喜歡都市傳說的朋友佐天淚子。這樣的同伴們一起過著和平但又有點奇妙的日常生活，但突然之間學園都市的“黑暗”逼近了……
