被稱作“學園都市”的東京西部的鉅大都市中,進行著超能力的開髮。在此接受特殊課程而或的能力的學生被分為“無能力(Level 0)”到“超能力(Level 5)”等六個階段,位於頂點的就是七名的“超能力(Level 5)”。其中御坂美琴是能夠自由操縱電力的“電擊使”中最上位的能力者,擁有“超電磁砲”異名的她是在常盤檯中學就讀的14歲女子中學生。作為後輩,同時是“風紀委員”的白井黑子,景仰大小姐的初春飾利,和她那喜歡都市傳說的朋友佐天淚子。這樣的同伴們一起過著和平但又有點奇妙的日常生活,但突然之間學園都市的“黑暗”逼近了……