故事講述了西曆2036年,東京因核電廠爆炸事故中的核輻射汙染而全面封鎖,有三名女高中生被送進了這個“死都”之中。這些少女的代號爲“COPPELION”,她們在基因改造技術下擁有天生的核輻射抗體,是隸屬于陸上自衛隊第三師團的特殊部隊。于是,這三名身穿水手服深入東京的少女將要與變異生物戰鬥,解決暴動,遇到各式各樣的危機,並在各種危難中艱難的存活。