京都市內發現壹具男性屍體。死因是側頭部受傷，但現場卻無壹絲血跡。屍體被認為是從別處轉移過來的。
神麻梨子等京都府警科搜查研究所，俗稱“科搜研”，的成員們和新加入的宇佐見裕也壹起展開鑒定行動。
從屍體裏殘留的細微的抓痕鑒定出屍體身份是專家岸田康弘。
京都府的土門刑警等人在搜查岸田的公寓時發現他私藏了塑料炸彈的原料。
不久，便從這些原料上發現了除岸田以外的指紋。這個指紋就是上個月入侵機場的擴張工事事務所被逮捕的女人——有村啟子。
啟子釋放後的行蹤不明，從她的房間裏發現引爆裝置。她被懷疑持有裝有引爆裝置的炸彈。
麻梨子等人追蹤她行蹤，發現她可能乘上了以神戶港為基點 周遊於大阪灣的大型餐館遊輪。麻梨子和土門等人乘上了這艘遊船。
另壹方面，繼續留在科搜研的宇佐見覺察到了了重大的事——啟子打算在旅館船內引爆炸彈。時限五分鐘！麻梨子等人發現了炸彈。能否使眾多乘客們安全撤離即將引爆的遊船呢……！？
