決鬥者王國篇
壹卷神秘的錄像帶,千年神器中千年眼的擁有者,貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中使用黑暗決鬥向武藤遊戲挑戰,但武藤遊戲卻因為時間終止而敗北,武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中(漫畫版為貝卡斯寄給遊戲的錄像帶),武藤遊戲為了救回靈魂被囚禁的爺爺,與夥伴們前往決鬥者王國找貝卡斯決鬥,與互信的夥伴們以及心中的另壹個自己並肩作戰。
戰鬥城市前篇
決鬥者王國壹戰結束,武藤遊戲的知名度瞬間上升,神秘的埃及石板來到日本展覽,牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰鬥、三張神之卡,還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶,海馬瀨人在壹個機緣下得到了神之卡的其中壹張:歐貝利斯克的巨神兵,而他為了得到剩余的二張神之卡,在童實野市舉辦了戰鬥城市大賽,並且以賭牌當作規則,同時新的次世代決鬥盤也跟著亮相,而武藤遊戲為了尋找心中的另壹個自己的記憶,也就是無名法老王的記憶,必須搜集三張神之卡,也參加了這場大賽,各路好手為了搜集六張拼圖卡,得到最後的參賽權,紛紛展開決鬥;神秘的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜其中。
乃亞篇(動畫原創)
戰鬥飛行船行駛人工島的途中,飛行船系統卻遭受到外來的入侵改寫了系統,因而改變了航線,阻擋在武藤遊戲等人面前的這個巨大機動要塞究竟是什麽?而又出現了神秘的人,自稱是“五巨頭”,他們還要武藤遊戲等人的身體,壹場賭上各人性命的決鬥,而他們又發現五大老的頭,叫乃亞的小孩,卻是剛三郎(海馬的養父)的兒子!!壹場大戰即將展開。
戰鬥城市後篇
戰鬥城市最終決戰開始,每個決鬥者都各自有戰鬥的理由,城之內為了成為真正的決鬥者、救出被馬利克進行黑暗遊戲懲罰的孔雀舞,海馬為了與宿敵遊戲決鬥、為了鏟除可惡的古魯斯首腦並得到太陽神、為了完成海馬樂園的夢想,遊戲為了實現與城之內的諾言、與海馬宿命的對決、救出被暗馬利克施予黑暗遊戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶,他向馬利克宣戰。
多瑪篇(動畫原創)
戰鬥城市結束後,武藤遊戲遭受到了不知名力量的阻擋,而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走,這個神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是什麽,神秘的卡片——“奧利哈剛的結界”擁有的黑暗能量,又會帶給使用這張卡片的人什麽樣的改變;黑魔導女孩從精靈的世界降臨,向武藤遊戲請求援助,人類世界與精靈世界的命運會如何,無名的傳說之龍又會怎麽樣的幫助遊戲等人。
海馬集團大賽篇(動畫原創)
多瑪事件結束後,武藤遊戲和同伴因沒錢回不到日本,無奈之下請求海馬公司,卻陰差陽錯的參加了海馬集團為維護聲譽的比賽。全世界的決鬥者聚集在這,壹場別開生面的比賽就此展開。
王之記憶篇
為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實姓名與記憶,武藤遊戲與朋友們踏上了埃及之旅,在記憶石板的背後,解開了無名法老王的過去記憶,暗貘良也趁此時蠢蠢欲動,利用了千年智慧輪的黑暗力量,在千年積木內進行了壹場黑暗RPG,這場黑暗RPG遊戲中,直接以無名法老王的記憶當作背景,暗遊戲必須從這場黑暗遊戲中找回自己的真實姓名、得知自己的過去,並且打敗大邪神佐克,再壹次封印,否則大邪神佐克也會在現實世界中復活。