西元1895年，日清戰爭，清朝戰敗，一紙絕情的「馬關條約」把臺灣送進被殖民大半世紀的日治時代，民間紛紛反彈，義勇軍此起彼落反抗。一艘載著首任臺灣總督的「橫濱丸」號，在澳底登陸準備接收臺灣，卻因此掀起一場腥風血雨，更為臺灣第一個女醫生丘雅信(葉歡飾演)的一生，揭開序頁…
雅信的祖父林雅堂，因資助農民抗日被捕，命在旦夕，在眾人建議下，雅信父親林之幹不辭勞苦，從新竹徒步趕至淡水，向備受日本總督敬重的馬偕牧師求救。他的孝心不但救回父親性命，更與基隆仕紳許尚仁一家結緣，促成了他與許家小姐秀英的婚事，婚後陸續生下了雅信和妹妹雅足。
無奈好景不常，沒幾年之幹因肺結核過世，生活所逼，秀英改嫁給五股地主丘元家。繼父對聰明伶俐的雅信疼愛有加，把她當成掌上明珠極力栽培，不但送她進私塾學漢文，更讓她進了臺灣第一所女子學校「淡水女學堂」就讀，啟蒙了雅信的求知欲和世界觀。
只是沒等雅信畢業，繼父再度辭世，兩個父親都死於肺結核，讓雅信立下學醫的志願，並突破重男輕女的舊思想，單槍匹馬勇闖日本，不但考上連日本人都不易錄取的東京女子醫大，更在男人當道的醫學界，創下「萬綠叢中一點紅」的傳奇紀錄。
雅信赴日求學期間，認識了臺灣留日學生林仲秋(施易男飾演)、彭英(霍正奇飾演)、關馬西(葉天倫飾演)等人，並與仲秋展開一場因為同姓，而無法開花結果的戀情。之後雅信學成歸國，因文化協會創辦人詹渭水做媒，開始與彭英交往，並進而締結良緣，生下女兒彭亭和兒子彭立。
