吉祥（洪金寶飾）、劉曦（吳京飾）護送“貢佛天珠”來港途中被四名武功高強的人物搶走。令人感到驚訝的是四人面貌竟如同二人出現，因這四名怪客竟同是孿生兄弟。“雙子門”的奇門武術早於數十年前令人聞風喪膽，源起武術宗派漸漸演變成怪異組職，有說是“正”，有說亦“邪”。“雙子門”是壹班雙生兒利用本身心靈相通，練就壹些特異武術，且能利用樣貌相似而制造劫案不在場證據，掩人耳目等特質作案的集團，多年前曾活躍壹時，已銷聲匿跡。為了這壹顆神物“貢佛天珠”，他們重現江湖。於是，劉曦找來昔日訓練“雙子門”的校長常忠（元華飾）和其它兄弟姊妹來協助尋回天珠，來壹個正邪對決，“雙子門”力拼“雙子門”。 本來，常忠早已退休，而珍珠（蔡卓研飾）、寶珠（鐘欣桐飾）早已是馬戲團中享負盛名的空中飛人，其余的Marco 、Polo；阿貓、阿狗在雜耍界也薄有名氣。他們很快便查得天珠下落，可是，卻惹來死敵突如其來的襲擊。雖然他們化險為夷，可惜天珠得而復失，再次落在邪惡的雙子門手中。原來，常勇是常忠的雙生弟弟，他訛稱天珠能治絕癥來騙取心急為妹妹治病的女富商李瑤（張茜飾）。珍珠、寶珠等人不惜身陷險境，終於，查得天珠藏於常勇的大本營，而常勇更脅持李瑤的妹妹Happy作人質。最後，他們各盡所長，成功救回Happy的生命，還險些奪回天珠。
