康熙八年，四大輔臣之首索尼去世，康熙從索尼的去世中看到了機會，他決定親政。同時為了搞清遺詔真相，康熙帶著伴讀曹寅，微服來到安親王府。康熙偶遇鰲拜的女兒青格兒和明珠的兒子才華橫溢的納蘭性德。康熙被青格兒的容貌吸引，但卻沒有表明自己的身份，結果言語間和納蘭發生了口角，青格兒也用尖銳的語言直擊康熙，康熙大怒，欲治納蘭和青格兒的罪，孝莊及時趕到，救下二人，並且欽定納蘭成為了康熙的伴讀。
納蘭性德起草的神功聖德碑文令康熙非常滿意，康熙將納蘭性德留在身邊當侍衛。曹寅心中有了壹絲嫉妒。壹直對納蘭情深意長的青格兒認為納蘭應該當大學士！納蘭性德知道青格兒對他的感情，但他自己的感情卻已經給了與他青梅竹馬的惠兒，納蘭陷入兩難的境地。
按照孝莊的密令，曹寅每天都要向孝莊密報康熙壹天的情況，康熙的日益長大讓孝莊很高興，但是康熙的不安分也讓孝莊的擔憂。
納蘭性德的父親明珠擔心納蘭性德起草的神功聖德碑文會給全家包括皇上帶來災難，明珠要納蘭性德遠走天涯，惠兒也願意與他生死同行。
早朝上，蘇克薩哈宣讀奏折，正式請求皇上取消輔臣制度，乾綱獨斷。納蘭拿到父親要他趕快走的紙條，卻沒有走，而是決定進宮。乾清宮中，孝莊的出現，使剛剛達成的平衡再度向鰲拜傾斜。匆匆趕到的納蘭性德，以“孝”字為由，使得康熙找到了為順治立碑文的理由。孝莊和眾大臣也不好反對，鰲拜提出，要嚴處納蘭性德，孝莊同意。青格兒為救納蘭以死相威脅，鰲拜又見康熙如此重視此事，便有所妥協，但依然主張重重懲罰。
孝莊不同意青格兒嫁給康熙，為此事孝莊與鰲拜第壹次產生了正面沖突……孝莊下旨，要青格兒與福全結婚，此舉使鰲拜大為沮喪，同時也遭到青格兒極為強烈的反對。
青格兒為此離家出走，遇到了惠兒，青格兒和惠兒成了好朋友，但她們知道彼此愛的是同壹個人。鰲拜起了疑心，納蘭性德情急之下，找康熙幫忙，康熙將青格兒秘密送到端敏住處。青格兒離去後，納蘭性德和惠兒二人的感情出現了微妙的變化。
自從上次康熙見到了惠兒之後，壹直念念不忘，數次與曹寅談起惠兒。曹寅親自將惠兒接到宮中，與青格兒和端敏相見。納蘭性德並未多想。康熙只要有時間就去看望三個女孩子，面對青格兒和惠兒，心情復雜。
福全無意中在端敏的住處碰見青格兒。青格兒只得說出實情，她不想嫁給福全，壹向老實的福全大受刺激，他懇求孝莊取消婚約，由於鰲拜也持消極態度，結婚壹事被無限期延期，而此時福全心中第壹次對康熙有了恨意。
蘇克薩哈勸康熙堤防鰲拜篡位。次日朝會上，蘇克薩哈提出了辭呈，竟遭來鰲拜要殺他全家的禍事。按照程序，以上決定均以皇帝的旨意頒布，康熙不肯，找孝莊幫忙，孝莊要康熙不要跟鰲拜正面沖突，最終康熙向鰲拜妥協。
自那以後，康熙決定壹定要搬倒鰲拜，卻被鰲拜得知，鰲拜認為，小皇帝不值得信任，為了大清江山只能換個皇帝了。鰲拜與諸王爺密商後率眾人連夜進宮見孝莊。孝莊並未表示反對，只說希望待她病好後再定。眾人離去後，孝莊病情加重，癱倒在床上。
孝莊告訴蘇墨爾，真正的威脅其實並不是鰲拜，而是隱藏在他背後的那些親貴王爺們。孝莊開始實行壹系列計劃，她命令索尼之子索額圖秘密進宮，又單獨召見納蘭性德和明珠。索額圖與納蘭性德同時與康熙緊急商議對策。這過程中福全來找過康熙，並責罵他，康熙又看到昏迷的孝莊神色大亂，以至想要放棄皇位。納蘭、曹寅想方設法鼓勵康熙，終於，康熙決定與鰲拜殊死壹搏。
曹寅提議，以青格兒為誘餌，引鰲拜入宮。納蘭找到青格兒，青格兒危難之余還是給鰲拜寫了壹封信。鰲拜見到青格兒的信，鰲拜不顧班布爾善等人勸阻，當即就要進宮。
就在上書房，曹寅和索額圖率眾人壹擁而上，卻不能把“滿洲第壹勇士”怎樣，危機壹刻，康熙提刀要親自與鰲拜以死相拼，鰲拜忽然間發現眼前的這個少年，已經不是壹個不經世事少年，他已經能夠把大清的江山交給康熙，而此刻只有犧牲自己才是最終成就康熙唯壹辦法，鰲拜放棄了抵抗，結果曾經顯赫壹時的鰲拜被眾人用鐵鏈將他牢牢捆住。與此同時，躺在床上的孝莊突然睜開眼，喝令蘇墨爾扶自己去見康熙。正當索額圖要殺鰲拜時被孝莊喝止。眾人都以為孝莊要放了鰲拜，但孝莊搖搖頭，表示不能放虎歸山。從這壹刻開始，重病初愈的孝莊象是變了壹個人，冷靜而果斷輔佐康熙。
經過令人窒息的十二時辰，當熱河如此駐軍的先頭部隊趕到京城外時，孝莊身子壹軟，癱倒在椅子上。乾清宮裏從此，再也看不見幾大輔臣的身影。
康熙最終沒有殺鰲拜，因為青格兒，也因為鰲拜在被抓前已用行動證明，他真的沒有叛逆之心，他壹心想的只有大清江山社稷的千秋萬代，更何況鰲拜為了不牽連青格兒，說出青格兒的身世。康熙要鰲拜放心，他壹定會善待青格兒，但青格兒卻失蹤了。
對於納蘭性德和曹寅此次立下的巨大功勞，康熙極為感激。康熙鄭重書寫密旨兩份，密旨上說，今後不管他們說什麽話，幹什麽事，皇帝將永遠不會降罪於他們。
就這樣，康熙這個少年皇帝跌跌撞撞的開始了自己政治生涯，也在君權與人性的掙紮中開始了自己扭曲的愛情。
在孝莊的建議下，康熙重用索額圖和明珠。之後，康熙開始了他的統壹大業，平定三藩，收復臺灣，博學鴻儒，從而在根本上建立起大壹統的封建王朝。
