遙遠的未來，因為突然的地軸變動。這個前所未有的地軸變動，災害侵襲了大地。都市被海水淹沒，南方的島嶼變成了極地，海底變成了高山，平原產生了巨大的裂逢，睡眠火山也開始噴火，天空總是被灰色籠罩。在這場大災難面前，人們束手無策，行星Zi上人們辛辛苦苦建立的文明毀於壹旦。
數千年過去了。人類並沒有滅亡。 這場災難幸存下來的人們的後代，在各地建立起了新的文明，都市間的漸漸開始了交流。曾經的大災難，現在稱之\"神的憤怒\"成為了神話。但能證明這不單純是虛構的神話的證據有兩個：各地殘留的，現在仍在運作著的巨大的設施\"發生器\"；還有大變動前就存在著的，也就是現在從各地發掘出的，仍活動著的機械生物Zoid...
動畫講述的是不屈於迪加魯特武國英勇戰鬥的勇士們的故事，是編織勇氣、信賴、友情、熱血的傳說。
在行星Zi有壹群被稱為Zoid的金屬生物體，有些擁有驚人戰鬥力，但它們必需得到由發生器產生的紅色凝膠才可運作。該行星在古代曾經存在超高科技文明，卻發生了壹場被稱為“眾神之怒”的大災難，當時有壹部份人類逃到天空上，建立了天空之都。
行星Zi上有壹個叫迪加魯特的國家在十多年前與天空之都訂立條約，取得天空之都的科技生產Zoid，開始變得強大，積極侵略其它地方。故事主角路吉住在美洛都村，村民從水中打撈出壹只Zoid村雨長牙獅。不久迪加魯特的Zoid前來襲擊該村，路吉成功操控村雨長牙獅去對抗襲擊者。雖然迪加魯特軍被擊退，可是村民依賴的樹狀發生器被破壞。為了村莊可以繼續存在，路吉與擁有Zoid的拉·坎和蕾·彌離開村莊，到處找尋懂得修理發生器的技師。
路吉在尋找發生器技師的旅途上遇到柯特娜、雷鳴等同伴，也目睹了更多迪加魯特的暴行。後來路吉明白即使找到懂得修理發生器的人，只要迪加魯特還存在，美洛都村就不會有安寧。路吉因此主張以打倒迪加魯特為首要目標，眾人由被迪加魯特奪去國土的前領主拉·坎領導，號召各地反迪加魯特誌士加入他們，組成迪加魯特討伐軍，展開全面抗爭。
