變種人的故事依然在延續。此前，成功越獄的“萬磁王”依然死性不改，幹著四處破壞的惡人勾當。而且，在新故事當中，他再不是獨來獨往，更有了壹班邪惡幫手和他共同將邪惡進行到底。而另壹個重要的角色簡·格雷博士出人意料地在上壹部犧牲之後又再次復活了，並且神奇地變身成為了黑暗可怕的“鳳凰女”，簡·格雷不但墮入了黑暗面，而且還擁有了極具破壞性的超能力，[2]另外，在前兩部中活躍的主要角色們都將全員上陣，其中睿智的X教授、戰鬥力依然強大且具統領變種人地位的金剛狼以及實力不凡的暴風女等依然占有主要的地位。經過幾番周折和驚心動魄的戰爭之後，最終金剛狼還是將簡·格雷博士也就是“鳳凰女”忍痛殺掉，以結束災難。但是，面對大惡人“萬磁王”的陰謀和“鳳凰女”可怕的超級力量，新老X戰警們還是吃了不少的苦頭。
