01-忍者
才藏與佐助兩人因被錢迷惑、受人利用，不慎將關有妖怪力量的封印之門誤開。但也因此展開兩人驅除妖道，拯救世界的使命。兩人在三太夫的指引下，與白衣忍者鶴姬相會，並在接受了先人的變身令牌後，成為影子神兵的壹員。
02-危險的阿姨
才藏與佐助奉鶴姬命，尋找同伴晴海。而正遭河童夫婦追殺的晴海，因此解圍，並在鶴姬等人引領下正式加入忍者戰隊。但河童與長頸女妖施展妖術，令鶴姬等束手無策，幸好得到忍術秘笈的佐助趕到，與眾人攜手將妖孽消滅。
03-美國忍者
當佐助、鶴姬等人欲消滅妖怪時，突然壹男子出面相助，原來他就是夥伴之壹自來也。自來也壹族早期為尋找忍術秘笈，移居海外。因知秘笈在妖怪之手，便潛入敵營。殊不知被識破身分生命垂危，幸好佐助等人相救化解了危機。
04-妖怪警察
由於晴海被妖怪化身的警察逮捕，鶴姬等人不顧佐助的勸阻，欲前往搭救，但也掉進了妖怪設下的陷阱。佐助為救出夥伴，假扮妖怪潛入敵營。雖身份被識破，但在眾人的協力下，仍將妖怪壹舉殲滅、繼續朝著下個目標前進。
05-凹凸大賭怪
才藏與小弟弟洋壹因被妖怪操弄，掉進了妖怪設下的迷宮。原來這迷宮是多眼怪與塗壁怪殘害人類的壹種賭博遊戲。逃脫出的才藏為救出陷入危險中的洋壹，奮不顧身與敵人單打獨鬥幸好佐助等人即時趕到，才化解了這場危機。
06-多眼王子殿下
塗壁怪為壹雪前恥，決定與多眼怪對影子神兵的首領鶴姬下手。假冒王子的多眼怪利用妖術讓鶴姬誤以為白馬王子出現。雖然被騙的鶴姬發現了王子的真面目，但因身陷敵營無計可施正當緊要關頭時，佐助等人出現，化解了危機。
07-大塊頭
晴海的食量突然變的奇大無比，只要是能吃的東西，他壹概不會放過，這到底是怎麽回事呢，原來餓鬼妖怪跑進晴海肚子裏去了，為了誘出那討厭的餓鬼妖怪，鶴姬決定以自己為誘餌，將晴海肚子裏的妖怪誘出來，他們的計劃能夠成功嗎？
08-妖貓客棧
壹群孩子突然間消失的無影無蹤，孩童們消失的同時忍者戰隊們亦是不見人影，後來發現是妖貓在做怪，忍者戰隊去救回孩童，而這當中由於貓丸的幫助，忍者戰隊終救回孩童，又解決又壹場的傷害。
09-驚人的實況轉播迷
經常會不由自主的將自己誤以為是電視裏的主角，在妖界中有個醜男也是標準的電視迷，為了想上電視無所不用其極，這兩個男人碰在壹起，又會發生什麼事呢？
10-子泣爺爺
子泣爺出現了，他看到大家都有自己的家族，覺得非常的羨慕，因此決定付予娃娃生命，讓娃娃們成為自己的家族，他會用什麼樣的方法呢？
11-破爛妖怪
晴海被可愛的樁所吸引，因此偷偷帶著佐助等人的衣服來到了跳蚤市場，此時在場中卻出現了壹位不速之客破爛妖怪稀落無，他會帶來什麼樣的風波呢？
12-新獸將出現了
之前被影子神兵所打倒的妖怪們，居然又再度復活了！而且，在歪博士的改造下，他們變得比以前更強壯了， 影子神兵會如何應付這些妖怪呢？
13-遠離不幸
小浩家莫名其妙的發生了壹連串不幸的事件，先是小浩的爸爸，無緣無故的壹睡不起，接下來是原本生意興隆的面包店卻被金靈給破壞的無法繼續營業，小浩與母親只好借用貓丸車販售糕點，接下來，又會發生什麼事情呢？
14-我是貴公子
妖怪世界裏出現了壹位貴公子，這位貴公子的真正身分並沒有人知道，只知道他很有權力，不僅如此，他還千方百計的想消滅忍者戰隊，透過歪博士的協助，他的奸計能夠得逞嗎？
15-強敵
貴公子二世為了打倒忍者戰隊，不擇手段特地到妖怪監獄裏，將令妖怪也害怕的恐怖妖怪|酒吞童子放出，要他們去對付忍者戰隊，並安排花之句壹組協助酒吞童子兄弟，於是忍者戰隊被壹壹擊敗，陷入前所未有的危機當中。
16-赤猿退鬼
忍者戰隊因中了酒吞童子及花之句壹組的計，以致四人被補，只有佐助僥幸逃脫，身受重傷的佐助找到酒吞童子兄弟藏身之處，用計將四人救出，並破了酒吞童子兄弟的壹體劍，佐助在無意中得知在妖怪背後操縱的是貴公子二世。
17- 魔劍與內褲
才藏剛拿到新車、想載美女兜風巧遇壹女、將他的新車砍爛、經查證該女是個木網女妖在壹名為小徹的小男孩的幫助下、五位忍者想透過照片分析破解魔劍之法無效 .... 。
18-哈羅、香菇弟弟
忍者戰隊壹次發現座墊童子這個小孩身手靈活﹑是個專門給小孩帶來喜樂的善良妖怪﹑誰知朱尼亞硬要得到他﹑將他惡化﹑四處破壞；最後雖以誠心感動了他﹑座墊童子卻為了朱尼亞力拼喪命。
19-黑暗的地獄陷阱
小悟發現土蜘蛛的惡行報告忍者戰隊，眾隊友前去查訪，發現多人行蹤不明，被土蜘蛛做成人肉臘腸，鶴姬三人不聽佐助之勸，誤入陷阱，還好最後終於脫逃。
20 -花之組第壹組
花之第壹組這次專程來對付佐助，想壹壹擊破打倒忍者戰隊，壹個叫真壹的小男孩無辜受害，成了佐助的包袱，佐助陷於困境，幸有隊友及時趕到，齊心退敵。
21-猴神必勝絕技
才藏在壹次巧遇當中，看到壹間霞流道館的困難，而幫助他們，然而卻不知其實是猴神偽裝，而被耍騙的很慘，而後發覺壹定得耍回猴神才會消心頭之氣，問題是要如何耍回猴神呢？
22-煙塵妖怪
現代社會大家使用汽車代步，卻大量排放廢氣，產生可怕的煙塵妖怪，到處吸取廢氣吸收成能量咨意破壞，麻衣子與其弟研究太陽能汽車遭遇挫折，碰上晴海，忍者戰隊。因有麻衣子的發明得以對抗煙塵妖怪。
23-電擊，白色怪鳥
朱尼亞少爺為了讓妖界大魔王復活，找了海之子拐了十五名小孩變成石頭，制造妖怪骷髏在裏面進行祈禱，聽到他的歌聲的孩子壹壹變成石頭，封印之門也出現了，危急之際壹只白鳥|神翼號出現，它的身份為何？大魔王真會出現嗎？
24-啊，第壹部結束了
佐助等人不顧三太夫的勸阻仍要與戰士骷髏對抗，竟然真的不敵，在三太夫的解釋下得知他們必須找到忍術秘笈，練成終極忍術才有辦法對抗妖界大魔王，便就此踏上尋笈之旅。
25-嶄新的出發
忍術秘笈為了幫助佐助盡早找到它，便托蝴蝶變成的麗花去助佐助壹臂之力，變成人形的她難掩興奮，壹個勁的玩，卻被朱尼亞少爺派去的壹段綢緞妖怪狙擊，丟了性命，佐助終於拿到秘笈，變成戰士打敗妖怪。
26-鶴姬家的天大秘密
鶴姬要去尋找忍術秘笈卻碰上傘妖阻撓，三太夫及時把鶴姬帶回家去，告訴她自己身負的領隊使命，並用其他四位忍者戰士的假人來幫她，還好鶴姬並未為了忍術秘笈棄其他隊友於不顧，的確具備了隊長的資格。
27-無敵將軍的末日
晴海與才藏為了找尋忍術秘笈壹起行動，誰知卻碰上自稱大魔王使者的妖怪戰士努艾為搶功出面阻撓，將兩人變成了河怪，要脅兩人自相殘殺，幸好兩人得到無敵將軍與忍術秘笈的幫助，打退敵人。
28-兒雷也的師父
努艾在阻撓才藏和晴海受挫之後，又想打擊兒雷也找尋忍術秘笈的企圖，但兒雷也碰到的卻是他在美國喪父之後，教他武術並待他如子的卡裏師父，最後發現當年父親竟是死於師父之手，憤怒之餘決心為父報仇。
29-空前的超級大對決
兒雷也得知父親即為卡裏師父所殺，氣憤難當，終於將師父打倒，師父才道出自己受到妖怪努艾要脅殺人才肯救其女的過去，兒雷也為此不再怪罪於他，與眾忍者齊心打倒努艾。
30-再見背叛的父親
眼看著妖界大魔王復活的日子迫近，忍者戰隊要阻止大魔王復活只有破壞封印之門，卻碰上鶴姬十年前為阻止魔王復活被擄而成為妖界壹員的父親：軍師白面郎的阻撓，鶴姬會如何渡過這個考驗呢？
31-新將軍登場
在三太夫和白面郎的安排下，演出壹場成功的戲劇，但卻被朱尼亞識破，朱尼亞將三太夫打成重傷，忍者戰隊亦在忍無可忍與神翼號的幫助下變成超級隱流大將軍，打敗了朱尼亞，三太夫卻因此而死，大魔王也復活了。
32-偷臉的妖怪少瞧不起人
到處發生有人的臉被大嘴妖怪吃掉的事情，忍者戰隊在晚上苦苦等候，竟發現小春願意讓它吃掉五官，為了保護她害得才藏的臉也被吃了，最後才藏體會到要救大家，只有打倒妖怪，最後終於讓大家找回了自己的臉。
33-天邪鬼之村
佐助壹行人到山上采松菇，卻遇上了很奇怪的現象，村裏的居民變得愛惡作劇，原來村裏出現天邪鬼來搗蛋，天邪鬼假冒寺廟的住持，村人吃下魔菇。佐助等人挽救村人和天邪鬼展開壹場大戰。
34-新嫁地獄砂
灑砂姥姥出現了，弄得所有的食物都變成壹堆砂，簡直就是砂地獄，這樣下去，世上的人類將面臨餓死的危機，忍者戰隊為解救人類，想辦法找出灑砂姥姥的弱點。
35-正義三姐妹
大魔王派出鼬鼠妖怪進行人類妖怪化計畫，滲透到花代就讀的小學，小孩子全都變成了妖怪，鶴姬巧遇過去正義三姐妹的另外兩個姐姐，這次終於又能壹起合作，破壞了大魔王的計畫。
36-忍俠千年後大戰妖怪
忍俠是三神將在壹千年前的弟子，上了大魔王的當，曾經傷害過無數的人類，因此被關在神壺裏面飄湯在宇宙空間，事隔壹千年終於回返地球，在鶴姬幫助下從壺裏出來，雙方壹起大戰大魔王派遣的妖怪。
37-雨傘之舞女王
雨傘女妖利用小孩引忍者戰隊上當，希望將五人引去為大魔王慶生，佐助與鶴姬未上當在忍俠的幫助下終於趕到妖怪慶生地點，將才藏與晴海救出。
38-討厭的牛角妖怪
牛角妖怪持著來福槍到處射擊，因子彈裏有它的遺傳基因，被射中的人都變成了牛鬼妖怪到處搶奪；為的是達成設立鬼之島的目的，忍俠急功好義，但卻失於莽撞，處處得罪人，終於將功贖罪，贏得大家的信任。
39-特別專輯
旁白這次帶著大家，認識有關忍者戰隊與妖怪們不為人知的壹面，大魔王這次派出無臉妖怪來對付忍者戰隊，給了它許多武器，但是仍然不敵忍者戰隊和忍俠的合力對抗，雖然有不死之身，在重組之後卻因少了壹塊肚皮被消滅。
40-平成九尾狐貍妖之戰
九尾狐貍妖在人世間到處綁架小孩向父母索取贖金卻不把小孩歸還，原來目的是要收集金錢購入大廈以供未來人界變成妖界的時候妖怪棲息之用，並設計抓住了鶴姬，誰知鶴姬是故意被抓，目的是為揭穿九尾狐貍妖並救出小孩。
41-失散的鬼魂
誠壹郎不放心自己膽小的孫子，在燈籠妖怪為了讓人世變成地獄的計畫挑選五個鬼魂來到人世復活時，也跟著來了，但卻欣慰的看到孫子進也已經具有自己活下去的勇氣，便放心離去。
42-強奪忍者功力
妖界大魔王想到利用忍俠這個三神將的弟子來引三神將和忍者戰隊出面，好壹舉打敗他們，它利用自己唾液制造出來的分身，將忍俠的能量吸光，又計畫把三神將和忍者戰隊的能量吸光，三神將顧及忍俠眼看不敵，結果如何呢？
43-三神將的末日
忍者戰隊對唾液妖怪的任何攻擊只會轉嫁到忍俠身上；三神將勸忍者戰隊去找白面郎帶他們去找忍俠，眾人在小普帶路下來到他與白面郎見面老地方，卻遭花之組第壹組的埋伏，四人被補，三神將終於被迫出面。
44-傷痕累累反敗為勝
佐助被花之組第壹組追殺，在最危急的時候鶴姬從前視為哥哥的太郎與次郎出面相救，並將白面郎破解唾液妖怪的秘訣交給佐助，佐助找到大魔王加以攻擊，果然破解法力，鶴姬等人都恢復能力，情勢因而逆轉。
45-驚慌的小聖誕老人
壹年壹度的聖誕節即將來臨，小朋友們所期待的聖誕禮物，也已經裝好了，聖誕老人們等著時間壹到，便要開始分發禮物，但是 .... 大事不好了，聖誕禮物全變成了壹只只有毒的蜈蚣，影子神兵們能適時阻止禮物分送出去嗎？
46-新春漫畫地獄
新的壹年開始，才藏就抽了張下下簽，大過年的真是不吉利，更糟糕的是，漫畫所畫的事件卻壹壹應驗在才藏及忍者戰隊的其他成員身上，影子神兵們能否度過此次難關呢？
47-人間煙火，百連發
唐津銀次郎是日本著名的煙火制造專家，與兒子、媳婦及小孫女壹家四口壹起生活，原本和樂融融的家庭卻在壹次大火中天人永隔，只剩下祖孫倆相依為命的過活。但是妖怪火車找上了爺爺，並將他帶走 .... 小孫女能順利救出爺爺嗎？
48-大雪女的雪戰
鎮上失蹤了好幾個年輕人，據說他們都被雪女變成了雪人。村田警官想把這個案子查個水落石出，卻也反遭雪女變成雪人。而且雪女還妄想將全世界變成冰天雪地，忍者戰隊當然不會讓大魔王的奸計得逞，於是雙方展開壹場激烈的戰鬥 .... 。
49-突然變窮光蛋
在外謀生的二宮先生，好不容易把債都還清，衣錦還鄉時，卻碰到窮衰神壹心想把全世界變成貧窮的世界。結果連前來搭救的忍者戰隊也難逃惡運，衣著全都變得破破爛爛，武器也變得很舊不堪壹擊，眼看著忍者戰隊已經不是窮衰神的對手，此時佐助靈感壹現，想出破解窮衰神的方法 .... 。
50-特選！妖怪旅館
影子神兵在山裏迷了路，後來他們發現壹家旅館並投宿在那裏。事實上那間旅館是妖怪開的，而且那二個妖怪大太法師與山姥還是大魔王的弟弟與妹妹。最後在忍者超人的幫助下他們打倒了大太法師，但也勾起了山姥的強烈恨意，誓死要報仇，於是影子神兵與大魔王的最終決鬥也將展開 .... 。
51-英雄失格
控制了白面郎的大魔王，為增加妖界的能量，不但利用白面郎制造人類的仇恨，也讓在親情與正義間徘徊的鶴姬不知如何是好。大魔王為使影子神兵四分五裂，特命女魔頭施計，讓鶴姬手刃親父白面郎，但鶴姬卻遲遲下不了手 .... 。
52-父女大團員
由於佐助等人受到三神將的指點迷津，眾人重拾信心，再度聯手將女魔頭鏟除。另外，因太郎與次郎的犧牲，使得受到大魔王控制的白面郎終於脫離了魔掌，得以與鶴姬團圓。但這時大魔王突然現身，準備與影子神兵壹決勝負。
53-封印
忍者戰隊正要將大魔王殺死時，三神將出現點明愛，勇氣，希望與仇恨憤怒其實都是壹線之隔，人類只有將仇恨鎖在內心的封印之門裏，人世才有和平的壹天，忍者戰隊在了解到這點之後終於成功的將大魔王封在封印之門內。
