《月東日西》的故事敘述主角直樹由於某起事故雙親失蹤,由叔父澀垣家憮養長大。原本過著與青梅竹馬的保奈美及表妹茉理打打鬧鬧的日常生活。但於蓮美臺學園升上二年級的新學年開始後,某壹日在學園的屋頂午睡時,突然有個女孩子從空中落下掉到他身上,不但錯認直樹是她的弟弟佑介,更以轉學生的身分轉入直樹的班級,原本平淡的學校生活至此發生變化。