橫濱市未來區的港區，壹直延續著歷代光之美少女在此地聯手，打敗謎之敵人“融合”的佳話。憧景著光之美少女的市民們，無壹不為這個話題而興奮；但對剛剛轉校、沒有朋友的阪上步來說，她無法融入大家壹起分享這份喜悅。就在這時，步在學校附近遇上了神秘生物“小呼”，兩人很快變得十分要好。然而，小呼其實是“融合”的黑暗碎片，為了孤獨的步，它決定吸收步壹切美麗的事物，進而毀滅城鎮！為了傳遞步真正的想法，28位光之美少女再次集結大家的力量，閃耀奇跡之光！
